甲基纤维素广泛应用于各种口服和局部用制剂中，也被广泛应用于化妆品和食品中。通常被认为无毒、无致敏、无刺激性。 口服后，甲基纤维素不能被消化或吸收，因此是一种无热量材料，过萤摄取甲基纤维索可能会暂时地增加肠胃气胀和胃肠膨胀。 在普通个体中，口服大量甲基纤维素具有通便作用，因此中、髙黏度级纤维素可被用作增容通便剂。 如果将甲基纤维素吞服时伴随的液体量不足，可能导致食道阻塞。

此外，大量摄取甲基纤维素可能会干扰一些矿物质的吸收，然而，上述不良作用和一些可能的不良作用主要与甲基纤维素作为通便剂有关，而当其作口服制剂辅料时，这些副作用就不再是主要因素了。 虽然已将甲基纤维素用于关节内注射剂和肌内注射剂中，但通常并不将它用于静脉注射产品。大鼠体内研究表明，静脉注射甲基纤维素可能会引起肾小球性肾炎和髙血压。